یکی از مهمترین مراکز مطالعات ایرانی در پاکستان، “مرکز تحقیقات فارسی ایران و پاکستان” است که نقشی عمده در همکاری علمی و فرهنگی بین دو کشور ایران و پاکستان بر عهده داشته و دارد. این مرکز، درسال 1970م./1349ش در راولپندی با توافق وزارت آموزش عالی پاکستان و وزارت فرهنگ و هنر پیشین ایران تاسیس شد و تنها مرکز تحقیقات فارسی ایران در جهان میباشد که به صورت رسمی بین ایران و کشوری مستقل و طی تفاهم نامه ای رسمی، منعقد شده است و هدف عمده آن گردآوری، حفظ و گسترش میراث مشترک مکتوب فارسی در پاکستان است. در قرار داد تاسیس مرکز تحقیقات فارسی ایران وپاکستان که به امضاء نمایندگان دو کشور رسید، چنین آمده است: “به منظور و ادامه همکاری فرهنگی، آموزشی و زبانی در میان دو کشور ایران و پاکستان و برای رسیدن به حد اعلای تفاهم بین دو مملکت، از طریق تعاون صادقانه و همبستگی دوستانه در این زمینهها، دولت [وقت] ایران و دولت جمهوری اسلامی پاکستان تصمیم گرفتهاند که این قرارداد را برای همکاری در زمینههای فرهنگی و آموزشی منعقد سازند” در حالی که در اساسنامه مرکز تاکید شده که مدیریت مرکز میبایست به صورت دورهای و هر چهار سال یکبار بین ایران و پاکستان صورت گیرد و هزینههای مرکز نیز برعهده طرفین باشد، اما از همان ابتدا دولت پاکستان از اجرایی کردن سهم و مسئولیت خود طفره رفت و دولت ایران، ناگزیر به خاطر احساس مسئولیت نسبت به فرهنگ مشترک، تمام تعهدات را از آغاز تا امروز به تنهایی بر عهده گرفته است. بر این اساس، مسئولین ایرانی مرکز با عنایت به اساسنامه، از ابتدا به آن پایبند بوده، توانسته اند علاوه بر خریداری و جمع آوری بسیاری از نسخههای خطی فارسی با ارزش و بیشتر کمیاب و گاه تنها نسخه اصلی را در سراسر پاکستان شناسایی و خریداری نمایند و کتابخانهای بسیار مفید از کتابهای فارسی، عربی، انگلیسی و اردو را برای استفاده از محققان و مراجعه کنندگان فراهم کنند و با مراکز مختلف علمی، تحقیقاتی و دانشگاههای پاکستان که در کار آموزش زبان فارسی هستند و نیز با سازمانهای علمی سایر کشورها روابط علمی بسیار سودمندی برقرار کنند. همچنین برخی از متون با ارزش خطی را در اختیار پژوهشگران و استادان قرار داده تا پس از بازنویسی و تصحیح به چاپ رسانند.
یکی از مهم ترین کارهای مرکز تحقیقات جمع آوری نسخ خطی بوده و هست، به طوری که مرکز از همان روز تاسیس به خرید نسخ خطی شهرت پیدا کرد و از دورترین نقاط پاکستان و حتی افغانستان، گونی-گونی نسخ خطی به مرکز می آوردند. این نسخ پس از بررسی دقیق توسط کتابدار مرکز (دکتر محمدحسین تسبیحی) شناسایی و قیمت گذاری می شد و سپس بعضی از آن ها که ارزش معنوی داشت، خریداری میشد. بدین ترتیب از آغاز شروع بکار تا کنون بیش از 25000 نسخه جمع آوری شده است. این مرکز توانست با دایر کردن بخش میکروفیلم، نیاز محققان را برای دسترسی به تصاویر نسخههای خطی در هر جایی که باشند، فراهم آورد. این امکانات و خدماتی که مرکز تحقیقات در بخش نسخههای خطی انجام داده، موجب شد که “کلا مسیر مطالعات ادبیات فارسی و ایران شناسی در پاکستان و حتی منطقه تغییر پیدا کند. تغییر به این معنی که در روزگاری، محققان بخشی از عمر خود را در جستجوی منابع و نسخ خطی تلف میکردند و از بس که منابع پراکنده یا شناسایی نشده بود، کمبودهایی در مطالعات باقی میماند.
توسلی در خصوص فعالیت دیگر مرکز معتقد است: «یکی دیگر از کارهای بسیار مهم مرکز تحقیقات، یاری رساندن به فعالیتهایی بود که در ایران بعد از انقلاب اسلامی، شکل گرفت. یکی از این فعالیتها دانشنامهنویسی بود که نیاز به منابع دست اول داشت. مرکز تحقیقات فارسی ایران و پاکستان، که رسالت آن پشتیبانی علمی از مراکز مشابه در ایران و جهان است، به خوبی این رسالت را انجام داده است و در “دانشنامه جهان اسلام”، این امر بسیار مشهود است. کار دیگر این مرکز این بود که در زمان مدیریت وی محمدمهدی توسلی، کتابخانه بنیاد دائرهالمعارف اسلامی را از کتابها و اسناد دسته اول شبه قاره تا آنجا که امکان داشت، غنی کرده و این کار مهم تا پایان مسولیت وی در مرکز، مرتب ادامه داشت».
مرکز تحقیقات در پنج بخش و یک اداره به شرح زیر سازماندهی شده است:
وظایف بخشایران شناسی آن عبارتنداز: